Поскольку договор франчайзинга имеет комплексный характер и общие черты с некоторыми другими договорами, для правильного оформления и регулирования франчайзинговых отношений их нужно отличать от сходных институтов.

В первую очередь, следует провести отличие договора франчайзинга от лицензионного договора, предметом которого является передача исключительного права на использование результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации участников гражданского оборота, товаров, работ или услуг (ст. 985 ГК). В предмет же договора франчайзинга может входить не только передача лицензионного комплекса (ст. 910 ГК), но и другие элементы: обязательства франчайзера по обучению персонала франчайзи, обязательства франчайзи закупить специальное оборудование (сырье, комплектующие и т. д.) у франчайзера и многое другое. Кроме того, в отношениях с третьими лицами стороны лицензионного договора не ассоциируются друг с другом, в то время как франчайзи в отношениях с потребителями полностью ассоциируется с франчайзером.

Сбытовой (и в некоторой мере сервисный) франчайзинг надо отличать от реализации товаров (оказания услуг) на основании договоров поручения и комиссии (в западных терминах — от дилерских или дистрибъюторских договоров). По договору поручения поверенный совершает от имени и за счет доверителя определенные юридические действия (в частности, заключает сделки). Права и обязанности по таким сделкам возникают непосредственно у доверителя (ст. 861 ГК). По договору комиссии комиссионер по поручению комитента за вознаграждение совершает сделки от своего имени, но за счет комитента. По таким сделкам приобретает права и становится обязанным комиссионер, хотя бы комитент и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки (ст. 880 ГК). Договор франчайзинга от указанных договоров (в чистом виде, а не в форме смешанных договоров, содержащих элементы нескольких договоров) отличает в частности то, что 1) по этим договорам не передаются права на использование объектов интеллектуальной собственности, принадлежащих доверителю либо комитенту (то есть поверенный (комиссионер) действует под своей «вывеской», а не под «вывеской» доверителя или комитента); 2) эти договоры не предусматривают обязанности доверителя (комитента) обучать своих контрагентов ведению бизнеса; 3) платежи идут от доверителя (комитента) к поверенному (комиссионеру), а не наоборот, как это имеет место в договоре франчайзинга.

Франчайзинг имеет отличия и от договора купли-продажи (поставки) товара, когда его реализация происходит по схеме от оптового продавца к розничным. Во франчайзинговых отношениях могут присутствовать элементы договора купли-продажи (поставки) — когда франчайзи закупает у франчайзера оборудование либо сырье. Но это — лишь один из многих элементов договора франчайзинга, который, как было отмечено выше, имеет комплексный характер.

Некоторые проводят также отличие договора франчайзинга от договора об исключительной продаже товара (в некоторых странах он называется договором коммерческой концессии, а применительно к международной купле-продаже товаров — договором об исключительном импорте), от договоров, связанных с управлением одним юридическим лицом другим, а также от договора аренды «делового комплекса».